Διάφοροι σύλλογοι και μεγάλος αριθμός ιδιωτών αμφισβητούν το καθεστώς προστασίας που προβλέπει η υπουργική απόφαση του 2012. Υποστηρίζουν, μεταξύ άλλων, ότι η υπουργική αυτή απόφαση δεν μετέφερε ορθώς την οδηγία για τα πτηνά στην ελληνική έννομη τάξη. Στο πλαίσιο αυτό, η εν λόγω υπουργική απόφαση αποτέλεσε αντικείμενο δύο αιτήσεων ακυρώσεως ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας (Ελλάδα), που είναι το αιτούν δικαστήριο. Το αιτούν δικαστήριο διευκρινίζει ότι, κατά τον χρόνο έκδοσης της εν λόγω υπουργικής απόφασης, δεν είχαν ακόμη καθοριστεί κατάλληλοι στόχοι διατήρησης και ότι δεν είχαν ληφθεί κατάλληλα μέτρα διατήρησης για κάθε ΖΕΠ ξεχωριστά. Ως εκ τούτου, το δικαστήριο αυτό διερωτάται αν ο Έλληνας νομοθέτης μετέφερε ορθώς στο εσωτερικό δίκαιο την οδηγία για τα πτηνά, ιδίως λόγω της διατήρησης σε ισχύ οριζόντιων μέτρων «προδιασφάλισης», τα οποία όμως αφορούν μόνον την προστασία των «ειδών χαρακτηρισμού» που μνημονεύονται στη σκέψη 10 της παρούσας απόφασης. Το ΔΕΕ έκρινε ότι το άρθρο 4, §§ 1, 2 Οδηγ. 2009/147/ΕΚ, περί της διατηρήσεως των αγρίων πτηνών, καθώς και το άρθρο 6 §§ 2-4Οδηγ. 92/43/ΕΟΚ, για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της άγριας πανίδας και χλωρίδας, επιβάλλουν στα κράτη μέλη την υποχρέωση να καθορίζουν, για κάθε ζώνη ειδικής προστασίας θεωρούμενη μεμονωμένα, στόχους και μέτρα διατήρησης που να αφορούν όλα τα είδη πτηνών που αναφέρονται στο παράρτημα Ι της οδηγίας 2009/147 και τα αποδημητικά είδη που δεν περιλαμβάνονται στο παράρτημα αυτό, των οποίων η έλευση είναι τακτική, καθώς και τον οικότοπό τους. Στο ανωτέρω πλαίσιο, εναπόκειται στα κράτη μέλη να καθορίζουν προτεραιότητες αναλόγως της σημασίας των μέτρων αυτών για την επίτευξη των στόχων διατήρησης του συνόλου των εν λόγω ειδών. Επίσης, σύμφωνα με τις ανωτέρω διατάξεις, η υποχρέωση διενέργειας εκτίμησης περιβαλλοντικών επιπτώσεων σχεδίων δυνάμει της οδηγίας 2011/92/ΕΕ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου, της 13ης Δεκεμβρίου 2011, για την εκτίμηση των επιπτώσεων ορισμένων σχεδίων δημοσίων και ιδιωτικών έργων στο περιβάλλον, όπως τροποποιήθηκε με την οδηγία 2014/52/ΕΕ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου, της 16ης Απριλίου 2014, δεν ασκεί επιρροή στο περιεχόμενο των υποχρεώσεων που απορρέουν από τις διατάξεις αυτές.